Una vez recorridas las altas montañas norteñas del Sistema Ibérico soriano, descendemos hacia el Sur y entramos en las comarcas centrales de la Provincia a través el Cañón del Río Lobos. Siguiendo los cursos de los ríos Lobos y Ucero hasta El Valle del Duero. Tras cruzar el Duero, el trazado del GR 86 sigue hacia el Sur en busca de la sierra de Pela en las estribaciones del Sistema Central. De este modo, este tramo cruza la provincia de norte a sur, generalmente siguiendo los cursos de agua que cortan el corazón pétreo formado por los páramos calizos del centro de Soria. El resultado de estos laboriosos procesos geológicos de disolución de calizas, producidos durante miles de años por el agua, son los kilómetros de variados cañones, (conocidos como «hoces» en el sur de Soria) que recorre el sendero; adecuados para la observación de aves, donde podemos encontrar águila real, halcón peregrino, cernícalo, búho real, alimoche y buitre leonado.

A media que nos alejamos del Urbión y las montañas del norte las precipitaciones disminuyen y la continentalidad del clima se hace más acusada, es entonces donde aparece el sabinar (Juniperus thurifera), pasando a ser el protagonista del recorrido e imprimiendo al paisaje un carácter exclusivo de los páramos del interior peninsular. Las primeras manifestaciones aparecen al salir de Pinares y entrar en las calizas del cañón del río Lobos; aunque aquí, la encontramos muy mezclada con una especie de pino calcícola, conocido en estas tierras como pino pudio (Pinus nigra subsp. salzmannii). Más hacia el Sur, en aquellos lugares de suelos más profundos, se enriquece el sabinar con quejigos y encinas, que tienden a predominar cuando cesa el pastoreo y la extracción de leñas, arrinconando al sabinar en los afloramientos rocosos. Esta parte del GR transita por los LIC y ZEPA Cañón del Río Lobos y los LIC Sabinares de la Sierra de Cabrejas y Riberas del Río Duero y afluentes, dentro de la red ecológica europea «Natura 2000». En resumen, como elementos de interés en este tramo se encuentran el Parque Natural del Cañón del Río Lobos, los paisajes de los cañones calcáreos del Añamazas y Sequillo, los sabinares albares, el río Duero, los castillos de Ucero, Osma y Gormaz, y todo el conjunto histórico artístico del Burgo de Osma.